应用软件开发难在哪儿？张云泉说，不同于超算硬件，超算软件开发的周期更长，动辄需要二三十年。它要经历科学问题建模、网格划分、求解数学方程、算法设计、运行验证等一系列流程，还牵涉到多种学科，“非常复杂”。
由于此前对应用软件不够重视，软件和硬件没能并肩奔跑。现在，软件在迎头追上，可是仍然有差距。“经费不够，研发力量分散，软件人才严重匮乏……都是现实困难。”张云泉说。
九三学社中央在提案中建议，成立若干国家级超级计算并行应用软件行业工程中心，制定我国超级计算机应用中长期研究规划和路线图，着力开展应用相关的基础问题和关键共性技术研究。
“此外，中心应以重大专项为牵引，集中多学科人才和资源，稳定研发方向和人才队伍。也要统筹协调研制计划和经费安排，使得软硬件经费投入比尽量做到1：1。”
可与国家实验室建设结合
吴立新也表示，以大型综合性研究基地为载体来建设超算中心才能更好地促进应用。“纵观国际，尤其是美国，超算中心大部分都建在国家实验室，因为超算是一种非常重要的手段，支撑综合基础研究、应用基础研究以及技术研发，而后者又能促进超算技术的发展，形成协同生态发展。”
他说，目前我国正处于建设国家实验室的战略机遇期，应抓住机会思考如何将超算和国家实验室的建设结合在一起。
“现在几所建设中的科学城都有超算团队，但他们只是运维团队，并不负责软件开发。”张云泉说。九三学社中央也建议，鼓励超算中心联合应用部门组建联合实验室。实验室主任由应用方的学科带头人担任，超算中心提供高性能运算支持并指导或协助进行程序移植，自主研发大型并行应用软件，并通过应用在用户中培养人才。