秦始皇由死到下葬间隔近两个月。一般遗体保护须在死者死后即刻着手处理。如若稍有延误，尸体本身已开始变化，恐怕再先进的技术也无能为力，据此推测秦始皇遗体保存完好的可能性很小。
谜团4:兵马俑伉被焚之谜
考古人员在清理兵马俑坑时发现，一、二号坑中有很多火烧的痕迹，陵区有大面积的火烧土分布，同样考古人员在对秦陵陪葬坑的挖掘中也发现了大量火烧土和残余焦木，坑中的棚木基本上都被化为灰烬。究竟是谁对兵马俑坑进行了如此巨大的破坏?
从文献资料推测，破坏兵马俑的人应当是项羽。项羽火烧咸阳城和阿房宫，仍不足以泄愤，于是再破坏秦始皇陵，烧毁了秦始皇陵园中的宫殿建筑。但如果是项羽火烧了秦陵，陪葬坑里完好保存着精美的铜鹤、铜鹅、铜鸭子等珍宝一件都没有被运走却让人觉得不可思议。
谜团5：秦始皇陵暗藏“九层妖塔”?
坐在飞机俯视秦陵封土，可以清清楚楚地看见一个正方形锥体，所以美国人叫它“黄土金字塔”。其实美国人错了，秦始皇陵不是三层台阶式“覆斗形封土”，而是建造在九层夯土之上的中华土木大金字塔，甚至比埃及胡夫金字塔更大。还不仅如此，秦陵地宫也是一个同等规模的“倒金字塔”。
更让人难解的是，封土台九层夯土似乎暗合了“九层妖塔”之说，这在世界上是绝无仅有的。
近年来，关于是否应该对秦始皇陵进行考古发掘的争论一直不绝于耳。支持者和反对者各陈其词，互不相让。其实，自古以来就有很多人对古代帝王的陵墓感兴趣，盗掘者比比皆是，他们的目标就是那些为数甚多的陪葬品，那些存世稀少的文物和奇珍异宝。据记载，秦始皇陵前后也曾遭遇过多次盗墓活动。
项羽30万大军挖不动秦始皇陵！
据《史记·秦始皇本纪》载：“始皇初继位，穿治郦山及并天下，天下徒送诣七十余万人，穿三泉水，下铜而致椁，宫观百官奇器珍怪徙臧满之。令匠作机弩矢，有所穿近者，辄射之。以水银为百川江河大海，机相灌输，上具天文，下具地理。以人鱼膏为烛，度不灭之者久。”可见其中珍宝之多。