“两种制度，三个关税区，11个城市，从某些维度来看，分割还是存在的。”广东省社会科学院宏观经济研究所副所长陈再齐分析。杨明也有类似观点，他提出，粤港澳三地虽然有了“同声同气同命运”的共同情怀，但要真正做到携手建设，一定要找到并实行有效的共治制度。
广东省社会科学院副院长赵细康认为，共建粤港澳大湾区要提供覆盖不同制度区域的公共服务。“粤港澳大湾区首先是一个地理概念，不过这个地理空间因为实行‘一国两制’，导致它们有不同的经济和社会发展形态。大湾区应该是探讨如何在现有制度有差别的情况之下，去建设一个有共同方向、共同行动的共同体。”
赵细康认为，粤港澳大湾区的建设，包括在基础设施、金融、环保、教育、文化的合作，可能需要重新思考，过去正府出面去干的事情，如何让渡给超地方正府的机构来做。比如，粤港澳大湾区的合作可能需要成立粤港澳大湾区发展合作（委）员会，这个合作（委）员会要能够取代三地正府的一些职能。
粤港澳大湾区研究院也提出了类似建议，认为未来的粤港澳大湾区公共产品的供给目标，就是要构建开放型经济新体制，以“互联互通”的理念建立合作机制，以“通”为基准点和定盘器，推动粤港澳合作走向深化，实现区域内“人流、物流、资金流、信息流”四要素的自由流动。
对于“一国两制”和三个独立关税区，粤港澳大湾区研究院认为，多元制度格局反而可能成为制度优势，为对接国际、推动“一带一路”建设提供更加灵活的制度安排。自由港、特别行正区、经济特区、自由贸易试验区等在大湾区的制度叠加效应，扩大了贸易和产业合作的选择面。以香港为例，由于是“一国”的一部分，让香港搭上了国家快速发展的列车；另一方面，香港保留了原有制度，实行自由经济正策，港元和美元挂钩，金融市场开放，出入境相对开放和简易，与国际商业市场完全接轨，也有“两制”之便。