中间环节的缺失
一般人都以为，化石为进化论提供了充分依据。其实，达尔文主义的最大困难正是化石的证据。进化论最大的敌人不是宗教领袖而是研究化石的专家们。达尔文发表《物种起源》不久，在德国的一个石灰岩层发现一个动物化石，被取名为“始祖鸟”，兼具爬行动物和鸟类的特征，被认为是由爬行类进化到鸟类的中间类型。进化论者为之雀跃，以为进化论已找到充分的证据。然而达尔文本人十分清楚，化石的证据显明中间类型的缺失，对他的理论是致命伤。但他推诿于化石记录的不完全。
经过一百多年的努力，科学家们已发现许多保存相当完整的地层，对其中所保存的化石也作了深入而系统的研究，中间类型的化石仍难寻觅。如果动物真是从无脊椎到脊椎动物，从鱼类到两栖类、爬行类，然后再到鸟类和哺乳类这样进化来的，那么中间类型的活物或化石应该随处可见，俯首皆拾才对。如果说达尔文当年尚有借口，那么今天的进化论者面对化石的难题再不能自圆其说了。
更有甚者，像始祖鸟、腔棘鱼这两种著名的中间类型的化石现已得而复失了。始祖鸟的某些爬行动物的特徵(如前肢有爪)，已在今天的活鸟中发现5。其次，原以为始祖鸟是半爬半飞的；现据其爪的形状，已被认为是一种已能栖息在树上的鸟6。第三，中国科学家近年在辽宁省发现了与始祖鸟同期的现代鸟的化石，说明始祖鸟并非鸟类的祖先7。由上述发现，始祖鸟已失去鸟的祖先的地位。腔棘鱼化石的骨骼粗壮，而且胸鳍中有小骨；古生物学家推想：一旦胸鳍变为前肢，就可以登陆，变成两栖类了。一九三八年，渔夫在西印度洋捕获一种鱼，其骨骼与腔棘鱼化石几乎完全一样。然而，它根本没有适应陆地生活的任何生理特徵(如肺等)8。
不管怎么说，始祖鸟、腔棘鱼多少沾一点“中间类型”的边儿。相比之下，骨骼在外、肉质部分在内的软体动物（如蜗牛、蛤蚌等）是如何翻个个儿变成骨骼在内、肉质部分在外的脊椎动物的，一点线索都没有。由单细胞生物进化到软体动物的证据也找不到，连借口也难寻。
按自然选择理论，适者生存。达尔文说：“如果我们看每一种生物都是从另一种不知名的生物传下来的话，那么它的父母及其它过渡期的中间型应该被这新的更完美的新种消灭了。制造新种的同时就消灭了旧种”9。按此，始祖鸟应该比爬行类更进化，而鸟类又较始祖鸟的适应力强。可为什么比始祖鸟原始的爬行类和比始祖鸟更进化的鸟类现在都存活于世，而唯独始祖鸟被淘汰了呢？推而广之，在现今的地球，从最原始的病毒到最高级的人类，各种类型的动、植物都共存著，恰恰中间类型都没有了；在现存的物种中没有，在化石中也找不到。这是进化论违反常理之处。符合逻辑的解释是，这些中间类型的生物也许根本没有出现过。
综上所述，达尔文的自然选择的假说与事实之间有很多矛盾。随著时间的推移和研究的深入，这些矛盾变得更加尖锐而不可调和。詹腓力尖锐地指出：“在此我要提出一个最基本的问题。既然达尔文主义有这么多问题，进化论又缺乏更理论的构架来取代，为什么我们不重估整个构架？科学家有什么理由绝对确知所有的生物真是从唯一的简单生物开始的呢”?
科学还是哲学？
科学(主要指实验科学)与哲学的一大区别是，科学要求重复求证。达尔文的进化论则更像哲学。钱锟指出：“詹氏引用朴柏分析科学与伪科学方法比较爱因斯坦与达尔文治学的方法。爱因斯坦不顾一切，大胆预测普遍相对论应有的结果。如果预测与实验的结果不符，他的学说就有被推翻的危险。达尔文从起头就没有提出任何冒险性的实际实验。他首先以雄辩解除化石记录并不支持进化的困难。他又依靠人工繁殖以及微进化作为广进化最终极的证据。所以，这门科学从开始就走错了”。
很早就有学者指出，“适者生存”是哲学上的一种“赘述”，一种重复。“适者”与“生存”互为因果，因此“适者生存”是合逻辑、打不倒的“真理”。当代达尔文的代言人儒斯一九九三年在世界最大的科学组.织AAAS会议上宣布，经过十年法庭论战，最终承认进化论有不可论证的哲学基础。当时全场一片死寂。
尽管有人不愿意承认进化论有不可论证的前设，但事实的确如此。进化论的推理是：有相似性状就有亲缘关系，但此推理不一定正确。有亲缘关系的生物定有相似性状;但有相似性状不一定必有亲缘关系。正如，亲哥儿俩长得很相像；但长的很相像的未必是亲哥儿俩。李志航博士说：“在目前物理学中，所有电子都是一样的。然而有些电子来自早年的宇宙，有些电子在加速器中产生，有些则出自中子的蜕变。所以不能说它们有同样一个源头”15。不同生物有相似的器官、组.织、结构、甚至相似的大分子或基因，这可以有两种解释：一、它们有亲缘关系；二、并无亲缘关系，但因要适应类似的生态环境。这两种解释都有道理，但都无法用科学求证。且不说现在找不到中间型的生物，即使将来找到了大量中间型生物，进化论充其量也只是一种解释方法或一种可能性，并不能证明其必然性。
前面我们谈到了许多关于进化论所面临的困难。它只是一个假学，一个未被证明、也无法完全证明的假说。那么，是否因为进化论不对，所以创造论就对了呢？不是。两者并没有这种因果关系。进化论的崛起只是百余年的事，而《圣经》早在三千多年前就毫不含糊地宣告了创造论。只因进化论者大肆宣扬进化论是已被证实的真理，并以此质疑、反对创造论，所以，说明进化论的真实情况，仅是为了消除误解，以正视听。如前所述，人们相信创造论，是因为相信《圣经》是神的无误的启示；同时，创造论也日益在科学研究中展现出它的真实性。前面谈到的宇宙的起源是如此，人类的起源也是如此。人是按神的形像和样式被造、有神的灵的活物(创一26-27,二7)。“这新人是照著神的形像造的，有真理的仁义，和圣洁”(弗四:24)；“这新人在知识上渐渐更新，正如造他主的形像”(西三:10)。人有神的形像是指有与神相像的特徵。神是独一主宰，所以人有相对的自由意志；神是造物主，人有一定的创造性；神是真理，故赋予人理性；神是阔义、圣洁的，于是把他的律法写在每个人心上；神是个灵，所以使人成为有灵的活人，与生俱来就向往永恒，寻求敬拜永生神。这些，是人最独特之处。连无神论者也说，人是“万物之灵”。这清楚表明，人和其他动物之间有截然区别，有本质差异，其间有不可跨越的鸿沟。别的生物不能变成*人，人也不可能是由猿猴进化来的。