前面已经谈到，达尔文在发表《物种起源》时就面对著几个极为严重的困难。第一是化石的难题：寒武纪生命大爆炸和过渡型生物的化石罕见。他本人承认化石的证据是“最明显的反对我的进化论的最大理由。”他也坦白地说，对此“我不能提供满意的答案”，“自然界好象故意隐藏证据，不让我们发现过渡性的中间型”。
第二个困难是进化所需要的漫长时间。他提出的自然选择假说主张连续、渐进的变化。与达尔文同时代的英国著名物理学家凯尔文用物理学计算地球的年龄只有一千五百万年到三千万年，不足以令进化论成立，使达尔文很恼火。但开尔文用物理定律所得的结论，达尔文又无从反驳，故他称凯尔文为“讨厌的幽灵”。同时，尽管化石的记录支持地球环境突变或灾变的假说，但达尔文仍接受了与化石证据不符的赖尔的均变假说。因为这不仅与他的连续、渐变的进化假说相似，而且可以提供进化所需要的漫长历史时期。第三，创造的证据比比皆是，眼睛就是一个好例子。达尔文承认眼睛不可能由自然选择形成，以致于他发表《物种起源》之后，他一想到眼睛仍感到害怕。
在学生时代，不仅进化论被当作神圣不可侵犯的科学，而且学校的课程设置也直接为正治所左右。上大学时，课堂上只能讲授米丘林和李森科的遗传学，孟德尔和摩尔根的遗传学则被冠以“唯心、反动”，一棍子打死。后来中苏关蠙n鱿至押郏钌频牧蛹１唤衣叮系露囊糯Р诺靡缘巧洗笱胖茫⒘⒓吹玫窖堑娜贤Ｋ裕郾恍慈虢炭剖椴⒉灰欢ū砻鹘凼钦胬怼�
我们一般人所持的进化论观点主要是从老师那里听来、教科书上看来的，并非基于对进化论的立论依据的深入考证。试问，在今天仍相信进化论的人中，有多少人读过达尔文《物种起源》的原文版呢？也许，认真把《物种起源》的中译本从头到尾读过一遍的人也不多。
当我们明白了创造与进化之争的实质不是学术之争，乃是两套哲学、信仰系统之争后，如果你现在仍相信进化论，也望存一颗开放的心，认真地把创造论、进化论作一番比较，以便重估自己的观点。只有虚心听取不同观点并作深入思考，我们才能不断修正自己的思想体系，使之一步一步地逼近真理。
进化论只被“嘴”和“脑洞”推翻过
，在科学界还是十分的坚挺，有越来越多的证据支持，从生物体结构到分子水平的遗传物质。
以往写了不少科普文章，试图向一些网友介绍进化论尤其是现代生物进化理论的一些知识，无奈发现有些人压根就不想去了解，脑子里还留着很多顽固的想法，这和快200年前达尔文提出以自然选择为基础的进化论遭到反对一样，本质没什么不同，就是胡乱质疑科学研究发现。
进化论不是不让质疑，没有科学家认为进化论可以解释一切生物现象，科学家们始终承认进化论还有很多不足。
然而科学家们却在不断地去研究人类的起源之谜，不单单是停留在对各种古人类遗骸化石的研究，而是从分子层面等去了解生物之间的相似性。人类的起源不管是怎样的，进化论都是目前解释很多生物现象最好的理论体系之一，分子学方面发现的一些证据，也充分说明了进化论的正确性和严谨性，不是谁随便说一些观点就能推翻的。
题主问出这样的问题，大概还是对进化论的研究不清楚，只要搜索查看“现代生物进化理论”这个词条，就能知道生物进化理论的观点和不足，同时也会了解到，从未有科学家试图在这个问题上欺骗人们，相信不相信现代科学，选择拳都在于自己，但至少说话要有依据，脑洞对科学发展没有生么帮助。
现代生物进化理论结论都是基于事实发现，尽管还有一些推测和假说，却为之后的研究指明了方向，发现相反的证据就修正现代生物进化理论，发现支持的证据就会更加清晰地知道人类来自何方。