有人指出，按米勒和他的同事们所假设的原始气层环境计算，米勒实验中制成最多的甘氨酸的分解速度比合成速度快，因此在原始大气层中形成的甘氨酸的97%在抵达地面之前就分解了，剩下的少量甘氨酸要扩散到三十英尺深的深海中才不致被紫外光破坏。
再则，有人推算，米勒实验中的电火花在两天内提供的能量相当于原始地球表面四千万年所接受的能量的总合。也就是说，米勒在烧瓶中观察到的化学反应，在实际原始气层中是难于发生的。
李志航博士指出，“怪不得连从事此项研究的Brooks与Shaw两人都得承认：‘这些实验宣称是无生物的合成结果，实际上却是借著有高度智慧与活生生的人精心设计而成功的。’”坚持进化论观点的美国国家科学院在一九八四年出版的一本书内也坦承地说道：“我们能不能有一天研究出导致生命来源的化学进化过程？这个问题可能没有答案。就算一个活细胞在实验室里制造出来，仍不能证明自然界在数十亿年前采用同样的步骤”。
另外，许多生命所需的物质都有旋光性(光通过这些物质时会被折射)。醣类都是右旋的，生物所必需的二十种氨基酸全是左旋的。但米勒等人得到的氨基酸却是右旋和左旋各占一半。由对等的左、右旋的氨基酸变成全部左旋的氨基酸，很难用随机机制来解释。
然而，米勒实验遇到的最严重挑战却是镭于原始大气层的性质问题。长期以来人们认为原始大气是还原性的，没有氧气存在。由无机物合成氨基酸等的实验也是在无氧状态下进行的。如果有氧气存在，这种合成作用或者不能发生，或者分解作用超过合成作用。
近一、二十年来关于原始岩石及太空研究的资料指出，地球的大气层中不一定含有大量的甲烷、氨气等还原性气体，而且有含氧的可能性。特别值得指出的是，无人驾驶的海盗号太空船在火星登陆后发现，火星没有生物存在，但火星却有氧化性的气层。因此，地球的原始气层中含氧的可能性是不能排除的。虽然对于大气中含多少氧气才能完全阻止氨基酸等有机物的形成尚无定论，若地球的原始大气层中确实含有氧气的话，米勒等人的实验的意义就当完全重估了。
DNA的形成
退一步说，即使米勒等人的实验确实在原始大气中实际发生过，也就是说，假定氨基酸等能在原始大气中由无机物产生，这离生命的起源仍然还有遥远的距离。生命有许多特点，最主要的是要有新陈代谢和繁衍后代的能力。这两种能力都来自于DNA的功能。生物的新陈代谢是由基因调控的。基因是DNA的片断。除少数原核生物（主要是植物病毒）靠RNA繁殖外，绝大部分生物都由DNA的复制进行繁殖。所以，要产生生命，首先要产生DNA（或RNA）。最简单的生物噬菌体（专门吃细菌的病毒）就主要是由一个外壳和内含的DNA分子组成的。但DNA的自然形成面临著两大难关。
DNA本身并不复杂，是由四种不同的核亘酸相联而形成的长链。复杂的是DNA分子中这几种核亘酸排列的顺序（Sequence）。DNA正是借著这四种核亘酸的不同排列顺序产生了不同的基因，并由此产生不同的蛋白质及其他生命所必须的化合物，进而发展出不同的生物性状。正如在第一章提到的那样，这四种核亘酸在DNA分子中不同排列组合的可能性之巨大，远远超出人们的想象。然而这些巨大的排列组合的可能性中，只有一种可能性是可以产生第一个生命的。随机产生这一正确组合的可能性之小就不难明了了。
梁斐生博士曾引用过一九六七年诺贝尔化学奖获得者爱根博士的演讲中所说的话：“一个含有221个核亘酸的分子，其复杂程度的数学量等于这些核亘酸所能形成的不同排列的总和一共是4221（4的221次方）或者是10133（10的133次方）”，而“10105个这样的分子就足以充满整个宇宙！”这10133次随机组合之中，只有一次组合是可以产生第一个生命的。这是什么意思呢？如果让这10105个分子随机组合，令组合的速率为每秒一万次（104），假设宇宙的年龄为三百亿年（1018秒），那么，从宇宙形成到现在，一共可以产生的组合方式是10127次（10105x1018x104），还不足以产生一个有正确核亘酸排列组合序列的DNA分子!
根据太空总署的资料，最简单而“有生命”的蛋白质分子至少含有四百个氨基酸。也就是说，需要至少由一千二百个核亘酸组成的DNA分子使该蛋白质能够产生。人们在最简单的原核生物中看到的DNA分子，含有几千个、而不是221核亘酸。可见，无论宇宙的年龄有多长，“进化”速率有多快，单靠随机组合而产生第一个生命所必须的DNA分子的可能性几乎等于零。
其次，DNA分子形成时，需要各种霉的参与;而霉是一种蛋白质。不过，蛋白质要在DNA链上的基因的指控下才能合成。象“先有蛋还是先有鸡”的问题一样，在第一个生命产生之际是先有DNA分子呢，还是先有这种DNA形成时所必须的蛋白质（霉）呢？答案是，必须两者同时形成，缺一不可。凭机遇单是形成DNA分子已几乎无可能，更何况还要靠机遇同时形成各种霉聚合。如果一定要用进化的、随机产生的观点来解释第一个DNA分子的形成，未免太牵强了。
化石的证据
如果生命真是从无机物逐渐进化而产生，然后由简单到复杂，由低级到高级不断进化的话，化石中一定可以找到这种进化的证据。可是化石的证据对进化论的观点是非常不利的。在地质和古生物学界，把寒武纪早期（约5.7亿年前）作为“隐生宇”和“显生宇”的分界。因为在寒武纪之前的地层几乎找不到生物的化石，而寒武纪早期，几十个门（Phylum）的动物的化石突然同时出现，被称之为“寒武纪生命大爆炸”。这是进化论无法解开的一个死结。
詹腓力博士在他的著作中指出：“化石记录问题之中使达尔文主义者最头痛的难处是‘寒武纪大爆炸’。大约在六亿年之前，几乎所有动物的‘门’同时在地层中.出现，完全没有达尔文主义者必须有的祖先的痕迹。正如道斯所说，‘这些动物化石就好象有人故意放进去的一样，完全没有进化的历史可以追寻。’达尔文在世时还没有证据显示寒武纪之前有任何生物存在。他在《物种起源》中承认‘这现象目前仍未能解释，而且的确可以用来作为有力的证据打击我现在要讨论的观点。’达尔文又说，如果我的学说是确凿的话，‘寒武纪之前的世界必定充满各种活物’”。