佛教昌盛期，传入的伊斯兰教
公元690年，除了伊斯兰化的喀喇汗王朝和信奉佛教的高昌回鹘之外，在今新疆西部与南部，还存在着一个高度汉化的于阗佛教王国，佛教隆盛，汉文化兴盛，其中心大致在今和田地区。
于阗国王尉迟僧乌波是一位深受汉文化影响的人，他崇信儒学，习汉语，穿汉服，沿用中原汉族礼仪，延续了于阗国历来与中原王朝的密切关系。他即位后不仅起了汉名——李圣天，向宋朝重续“舅甥关系”，而且按照中原朝廷的惯例，采用了内地通行的年号，被后来的统治者所效法。
公元960年，喀喇汗王朝以伊斯兰教为国教后，建立了正教合一的体制，对境内的佛教僧人不断迫害，要求他们改变信仰以维护自己的统治。喀喇汗王朝皈依伊斯兰教引起了于阗佛教国家的恐慌，同时改信伊斯兰教的过程中.出现了不少激进的做法，也引起了佛教徒的不满。962年，于阗趁着喀喇汗在与萨曼王朝周旋，东部兵力空虚的机会，大举入侵喀什噶尔，战争正式爆发。
于阗的做法给了正在对外扩张的喀喇汗王朝进行“圣战”的理由。战争初期，于阗由于得到信仰佛教的高昌回鹘和吐蕃的支持，占据了优势。
伊斯兰教为扩张，与佛教进行战争
经过八年的战争，于阗军队占领了喀什噶尔，当地居民望风归顺，巴伊塔什叶大汗战败后逃往中亚。
998年，于阗军队再次挺进到喀什噶尔城下，巴伊塔什之子阿里只得出城背水一战，结果于阗军队招架不住破釜沉舟的喀什噶尔守军，于阗战败并撤退到两国边界一带。同时数十年的战争已几乎耗尽了于阗的国力，因而于阗虽然不断在战场上取胜，但其国势已大不如前。公元1006年，喀喇汗王朝在付出了沉重的代价后，再次击败了于阗军队。喀喇汗王朝攻陷和阗城，灭亡于阗王国。
在此过程中非常值得一提的是：在长期的反抗过程中，中原宋朝始终与于阗王国保持着紧密的联系，并提供了大力支持。《宋史》记载：开宝四年(西元971年)，“其国(于阗)僧吉祥以其国王书来上，自言破疏勒国得舞象一，欲以为贡，诏许之”。于阗之所以要在获胜后向宋朝报告战况并进贡大象，一方面是地方正拳向中央正府应有的例行公事，行使臣民义务，另一方面是对宋朝在战争期间给予于阗的道义上的支持表示感谢。