战乱不断，民不聊生，伊斯兰教取代佛教
长期的战争给南疆地区的社会经济造成了空前严重的破坏，千百万人或家破人亡，或流离失所，人口锐减，田园荒芜，南疆发展停滞，中原王朝在南疆一千多年的汉文化影响暂时中断，南疆开始伊斯兰化。喀喇汗王朝以“圣战”的方式将伊斯兰教传播到于阗地区，结束了佛教在这里千余年的繁荣。
虽然宗教不断在变迁，不过这些宗教的理念与影响有些至今存在，比如维吾尔医学基本理论奠基于古代回鹘人对寒、热、干、湿四种状态的理解与运用，而这正是对佛教医学理论中地火水风四大物质运动不调而致病学说的借用。在今天，我们仍然能在维吾尔族聚居的地方看到萨满教留下的影响。萨满教中的“腾格里”被视为尊敬的天神，而新疆最大的一座山就称作“腾格里塔阿——天山”;最高的山峰就称作“汗腾格里”;新疆最大的湖泊就称作“腾格里湖”。因此不难发现这些宗教对新疆的影响具有复杂的共同影响，不过需要注意的是：无论何时，维吾尔族都不是一个全民信教的民族！新疆也从未有过“一教独存”的情况！